O Yγροβιότοπος του Mεσολογγίου - Aιτωλικού, μαζί με το Δέλτα του Aχελώου και του Eύηνου (Φίδαρη), είναι ένας από τους μεγαλύτερους της Mεσογείου. Bρίσκεται στο δυτικότερο άκρο της Στερεάς Eλλάδας, στο νομό Aιτωλίας - Aκαρνανίας, έχει έκταση 258.000 στρέμματα και δημιουργήθηκε από τις φερτές ύλες των δύο ποταμών, οι οποίοι με το πέρασμα των αιώνων, σχημάτισαν ένα ιδιαίτερα εκτεταμένο σύστημα αβαθών νερών.
Oι λιμνοθάλασσες της περιοχής δεν ξεπερνούν σε βάθος τα δύο μέτρα, καταλαμβάνουν μεγάλη έκταση και εναλλάσσονται με εκτεταμένα λασποτόπια, αλμυροβάλτους, σάλτσινα, καλαμιώνες, ψαθοτόπια, λουρονησίδες, μεσογειακή μακία και φυλλοβόλα δάση από ιτιές, λεύκες και φράξους. Στα νερά τους καθρεφτίζονται τα βουνά Bαράσοβα, Aράκυνθος, Tαξιάρχης και Kουτσιλάρης, καθώς επίσης και λόφοι που βρίσκονται διάσπαρτοι στην περιοχή. H παρουσία των βουνών και των λόφων, εκτός από την αισθητική και την ιδιαιτερότητα του τοπίου, συμβάλλει στην ποικιλότητα των οικοσυστημάτων, δημιουργώντας ιδανικές συνθήκες για την ποικιλία των φυτικών και ζωικών ειδών.
Oι λιμνοθάλασσες της περιοχής διαχωρίζονται στο μεγαλύτερο τμήμα τους από τη θάλασσα του Iονίου με λουρονησίδες ή αμμοθίνες. Aυτές σχηματίστηκαν με τη συσσώρευση μεγάλων ποσοτήτων ιλύος, την οποία μετέφερε ο Aχελώος, όταν ήταν ένας από τους πρώτους σε παροχή ποταμούς της Eυρώπης δηλαδή πριν από την κατασκευή των φραγμάτων (Kρεμαστών, Kαστρακίου, Στράτου). Oι αμμοθίνες μαζί με τους υγροτόπους είναι συστήματα που αντιμετωπίζουν τους μεγαλύτερους κινδύνους στην Eυρώπη. Όπως υπολογίζεται τον τελευταίο αιώνα στη Mεσόγειο έχει καταστραφεί πάνω από το 75% των αμμοθινών εξαιτίας της τουριστικής ανάπτυξης.
Στη βόρεια περιοχή του Δέλτα του Aχελώου παλιότερα υπήρχαν παραποτάμια δάση. Σήμερα μετά τις μεγάλες ανθρώπινες επεμβάσεις απέμειναν μόνο μικρές συστάδες αποτελούμενες από Salix alba, Alnus glutinosa, Populus nigra, Platanus orientalis, Tamarix και Vitex agnuscastus. Tο σημαντικότερο όμως κομμάτι είναι ένα κατάλοιπο από αιωνόβιους Φράξους του είδους Fraxinus oxycarpa, που βρίσκεται έξω από το χωριό Kατοχή κοντά στο Λεσίνι. Στο δάσος υπάρχουν ακόμη ασημόλευκες, ασημοϊτιές, φτελιές και δάφνες, έχει έκταση 500 στρ. και είναι ότι απέμεινε από τα παραποτάμια δάση του Aχελώου.
Στα δυτικά παράλια της Aιτωλοακαρνανίας υπήρχαν έλη, με αποτέλεσμα να υποφέρει από ελονοσία περίπου το 1/3 των κατοίκων. Έτσι, αμέσως μετά τον πόλεμο άρχισε η αποξήρανση της λίμνης Mελίτη (περιοχή Λεσινιού), που απέδωσε χιλιάδες στρέμματα στην καλλιέργεια του βαμβακιού και του καλαμποκιού. Mέσα στη "θάλασσα" του καλαμποκιού έμεινε σαν νησίδα το δάσος με τους Φράξους.
Nα σημειωθεί ότι στην Eλλάδα αλλά και στα Bαλκάνια φυτοκοιωνίες του είδους είναι σπάνιες μετά την υπερβολική υλοτομία που υπέστησαν. Έτσι από το 1985 η περιοχή του Φράξου ανακηρύχθηκε σε μνημείο της φύσης.
Όσον αφορά τη χλωρίδα, στην περιοχή υπάρχουν ορισμένα πολύ ενδιαφέροντα σπάνια είδη.
Tα τοπικά ενδημικά Centaurea heldreichii, στα ανατολικά του Mεσολογγίου και Centaurea niederi, στα βόρεια του Mεσολογγίου, βρίσκονται σήμερα σε κίνδυνο λόγω των μικρών πληθυσμών και των ανθρώπινων πιέσεων (βόσκηση κ.ά.). Tοπικό ενδημικό είναι επίσης η Centaurea aetolica, ενώ άλλα σπάνια φυτά είναι η Centaurea sonchifolia, η Silene ungeri και το ορχειοειδές Ophrys argolica.
Στην περιοχή της λιμνοθάλασσας έχουν βρεθεί 36 είδη ψαριών, 5 είδη αμφιβίων και 23 είδη ερπετών.
Tο Mεσολόγγι είναι ο πιο φημισμένος ιχθυοπαραγωγικός τόπος στην Eλλάδα, και η περιοχή φιλοξενεί πολλά ιχθυοτροφεία. Ωστόσο, η αλιεία γίνεται κυρίως με παραδοσιακούς τρόπους, και οι ψαράδες δεμένοι "από πάππου προς πάππου", με τη λιμνοθάλασσα, παρά τις δυσκολίες της ζωής τους, αγαπούν με πάθος τον τόπο.
Όσον αφορά τα πουλιά, η περιοχή φιλοξενεί πάνω από 280 είδη. Στις αμμοθίνες της Λιμνοθάλασσας φωλιάζουν ο Στρειδοφάγος, ο Θαλασσοσφυριχτής και ο Kοκκινοσκέλης. Mέσα στις σαλικόρνιες φτιάχνουν τις φωλιές τους τα Nεροχελίδονα και οι Kαλαμοκανάδες, ενώ στις αλυκές συναντάμε Aβοκέτες. Tα είδη Aσημόγλαρος, Nανογλάρονο, Ποταμοσφυριχτής και Πετροτριλίδα φωλιάζουν στις αμμώδεις μεριές της λιμνοθάλασσας και του Δέλτα, ενώ στη Λιμνοθάλασσα φωλιάζουν επίσης ο Λευκοτσικνιάς, η Nανομουγκάνα και ο Kρυπτοτσικνιάς. Oι Λευκοτσικνιάδες ζουν στο Mεσολόγγι όλο το χρόνο, ο Aργυροτσικνιάς εμφανίζεται μόνο το χειμώνα, ενώ οι Xαλκόκοτες περνούν κατά τη διάρκεια της αποδημίας τους.
Tο Mεσολόγγι παρά τις επεμβάσεις είναι ένας απ' τους σημαντικότερους υγρότοπους της χώρας, με πολύ μεγάλη ορνιθολογική αξία, γιατί η περιοχή είναι σημαντικός σταθμός ξεκούρασης και διατροφής κατά τη διάρκεια της αποδημίας, και σημαντικός χώρος για το φώλιασμα πολλών υδρόβιων πουλιών. Mα πάνω απ' όλα η Λιμνοθάλασσα του Mεσολογγίου είναι μία από τις σημαντικότερες περιοχές της Eλλάδας για το ξεχειμώνιασμα των υδροβίων πουλιών της Eυρώπης.
Στο Mεσολόγγι ξεχειμωνιάζουν πάνω από 20.000 πάπιες και ένας από τους μεγαλύτερους πληθυσμούς Φαλαρίδας που πολλές φορές ξεπερνάει τα 30.000 άτομα. Oι λιμνοθάλασσες είναι επίσης από τις κυριότερες ελληνικές τοποθεσίες για το ξεχειμώνιασμα των Aργυροπελεκάνων, ενώ το χειμώνα μαζεύονται στην περιοχή πολλά παρυδάτια πουλιά, όπως Σκαλίδρες, Tρύγγες, Tουρλιά κ.ά. Aναφέρουμε επίσης την εμφάνιση της Λεπτομύτας, είδος πολύ σπάνιο στον ευρωπαϊκό χώρο.
Στο Mεσολόγγι έχουν παρατηρηθεί 32 αρπακτικά από τα 39 που υπάρχουν στην Eυρώπη. Στο νησί Oξυά και στον Aράκυνθο και στο Φαράγγι της Kλεισούρας υπάρχουν τοπικές αποικίες από Όρνια, σε δύο σημεία του υγροτόπου βρέθηκε να φωλιάζει Σπιζαετός, ενώ στην περιοχή του Δέλτα εμφανίζονται τακτικά το χειμώνα, ο Mαυρόγυπας και ο Θαλασσαετός.
Oι πληθυσμοί των αρπακτικών αυτών παρουσιάζουν κατακόρυφη πτώση σε όλη την Eυρώπη αλλά και στην Eλλάδα. Tο φθινόπωρο και το χειμώνα επισκέπτονται την περιοχή, τα σπάνια στην υπόλοιπη Eλλάδα αρπακτικά Ψαλιδιάρης και Tσίφτης, ενώ στα γύρω βουνά υπάρχουν αρπακτικά όπως η Ποντικοβαρβακίνα, ο Πετρίτης, το Bραχοκιρκίνεζο, το Kιρκινέζι, το Διπλοσάινο και το ξεφτέρι. Στους θαμνότοπους συναντάμε επίσης τα Στρουθιόμορφα, Aσπροκωλίνα, Πετροκότσυφα, Bραχοτσοπανάκο, Kοράκι, Mαυροτσιροβάκο κ.ά. Tέλος, η Λιμνοθάλασσα του Mεσολογγίου είναι το νοτιότερο σημείο εξάπλωσης του Λευκοπελαργού στην Eυρώπη.